Выглядит, как проблема с времянками.
В вашем случае можно поступить очень просто. Создайте файл name_file.sdc
Код
derive_clock_uncertainty
create_clock -period 50MHz -name {input_clk} [get_ports {input_clk}]
derive_pll_clocks
input_clk - пин на который подключен кварц, 50MHZ соответственно его частота.
Подключаете файл к проекту в квартусе.
Это займет у вас 30 секунд и возможно решит проблему.
Дальше можно смотреть отчет time quest. Дополнять ограничения, переделывать систему, переписывать код...