Объявите структуру из 16 результатов преобразования (каждому результату можно дать осмысленное имя нужного канала), создайте массив из этих структур, натравите ПДП (DMA) в кольцевом режиме на этот массив, получив прерывание ПДП об окончании половины пересылки обрабатываете первую половину массива (все данные уже разложены в структуры), получив прерывание об окончании пересылки - обрабатываете вторую половину массива. Все. Больше никаких телодвижений по настройкам АЦП, ПДП и т.п. делать не нужно - оно работает само, знай себе выгребай данные в прерывании ПДП.

Спасибо. Полагаю что DMA будет работать в кольцевом режиме. Что при этом указывать в счетчике пересылок? Число каналов?