alt_u8 Start = 0;
alt_u8 buf_uart[256];
alt_u16 uart_count = 0;
...
// Инициализация прерываний по UART
void Uart_irq_init()
{
    // Регистрация обработчика прерываний
    alt_irq_register(UART_0_IRQ, (void*)UART_0_IRQ, uart_isr);
}
...
// прерывания по UART
static void uart_isr(void* context, alt_u32 id)
{
  alt_u32 status;
  // Чтение регистра статуса для определения причины прерываний
  status = IORD_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE);
  // Очистка всех флагов ошибок
  IOWR_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE, 0);
  // Процесс чтения irq
  if (status&ALTERA_AVALON_UART_STATUS_RRDY_MSK)
  {
    buf_uart[uart_count] = IORD_ALTERA_AVALON_UART_RXDATA(UART_0_BASE);
    uart_count++;
  }
  if(uart_count == 72 && buf_uart[0] == 0x55)
  {
    Start = 1;
    uart_count = 0;
  }
}

int main (void)
{
    alt_u8 led = 0x2;
    alt_u8 dir = 0;

    Uart_irq_init();
    alt_irq_enabled();

    // главный цикл
  while(1)
  {
    if(Start == 1)
    {
        Start = 0;
        // бегущий светодиод
        if(led & 0x81)
            dir = (dir ^ 0x1);
        if(dir)
            led = led >> 1;
        else
            led = led << 1;
        // запись в PIO_0_BASE (0x00000000) led
        IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(PIO_0_BASE, led);
    }
  }
  return 0;
}

#include "system.h"
#include "altera_avalon_pio_regs.h"
#include "alt_types.h"
#include "stdio.h"
#include "sys/alt_irq.h"
#include "altera_avalon_uart_regs.h"
#include <unistd.h>
#include <io.h>

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// Константы

#define BAUD_RATE 115200

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// Объявления функций

void UartIsr(void* context, alt_u16 id);
void InitUart(alt_u32 BaudRate);

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// Глобальные переменные

alt_u8 Start = 0;
alt_u8 Buf_uart[256];
alt_u16 Uart_count = 0;

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// Функции

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// прерывания по UART

void UartIsr(void* context, alt_u16 id)
{
alt_u16 status;
// Чтение регистра статуса для определения причины прерываний
status = IORD_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE);
// Процесс чтения irq
if (status & ALTERA_AVALON_UART_STATUS_RRDY_MSK)
{
Buf_uart[Uart_count] = IORD_ALTERA_AVALON_UART_RXDATA(UART_0_BASE);
Uart_count++;
// Очистка всех флагов ошибок
IOWR_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE, 0);
}
if(Uart_count >= 72 && Buf_uart[0] == 0x55)
{
Start = 1;
Uart_count = 0;
}
}

//---------------------------------------------------------------------------------------------
// инициализация Uart

void InitUart(alt_u32 BaudRate)
{
alt_u16 context_uart;
alt_u16 divisor;

divisor = (ALT_CPU_FREQ/BaudRate) + 1;
IOWR_ALTERA_AVALON_UART_DIVISOR(UART_0_BASE, divisor);
IOWR_ALTERA_AVALON_UART_CONTROL(UART_0_BASE, ALTERA_AVALON_UART_CONTROL_RRDY_MSK);
// регистрация прерываний UART_0_IRQ
alt_irq_register(UART_0_IRQ, &context_uart, UartIsr);
// alt_irq_enable (UART_0_IRQ);
}

//---------------------------------------------------------------------------------------------

int main (void)
{
alt_u8 led = 0x2;
alt_u8 dir = 0;

InitUart(BAUD_RATE);
alt_irq_enabled();

// main while
while(1)
{
if(Start == 1)
{
Start = 0;
// running led
if(led & 0x81)
dir = (dir ^ 0x1);
if(dir)
led = led >> 1;
else
led = led << 1;
// write in PIO_0_BASE led
IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(PIO_0_BASE, led);
}
}
return 0;
}

alt_u16 context_uart;
    alt_u16 divisor;

    divisor = (ALT_CPU_FREQ/BaudRate) + 1;
    IOWR_ALTERA_AVALON_UART_DIVISOR(UART_0_BASE, divisor);
    IOWR_ALTERA_AVALON_UART_CONTROL(UART_0_BASE, ALTERA_AVALON_UART_CONTROL_RRDY_MSK);

#define UART_0_FIXED_BAUD 1

/*
* altera_avalon_uart_rxirq() is called by altera_avalon_uart_irq() to
* process a receive interrupt. It transfers the incoming character into
* the receive circular buffer, and sets the apropriate flags to indicate
* that there is data ready to be processed.
*/
static void
altera_avalon_uart_rxirq(altera_avalon_uart_state* sp, alt_u32 status)
{
alt_u32 next;

/* If there was an error, discard the data */

if (status & (ALTERA_AVALON_UART_STATUS_PE_MSK |
ALTERA_AVALON_UART_STATUS_FE_MSK))
{
return;
}

/*
* In a multi-threaded environment, set the read event flag to indicate
* that there is data ready. This is only done if the circular buffer was
* previously empty.
*/

if (sp->rx_end == sp->rx_start)
{
ALT_FLAG_POST (sp->events, ALT_UART_READ_RDY, OS_FLAG_SET);
}

/* Determine which slot to use next in the circular buffer */

next = (sp->rx_end + 1) & ALT_AVALON_UART_BUF_MSK;

/* Transfer data from the device to the circular buffer */

sp->rx_buf[sp->rx_end] = IORD_ALTERA_AVALON_UART_RXDATA(sp->base);

sp->rx_end = next;

next = (sp->rx_end + 1) & ALT_AVALON_UART_BUF_MSK;

/*
* If the cicular buffer was full, disable interrupts. Interrupts will be
* re-enabled when data is removed from the buffer.
*/

if (next == sp->rx_start)
{
sp->ctrl &= ~ALTERA_AVALON_UART_CONTROL_RRDY_MSK;
IOWR_ALTERA_AVALON_UART_CONTROL(sp->base, sp->ctrl);
}
}

#define UART_0_FIXED_BAUD 0

#define UART_0_FIXED_BAUD 1

  // Чтение регистра статуса для определения причины прерываний
  status = IORD_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE);
  // Очистка всех флагов ошибок
  IOWR_ALTERA_AVALON_UART_STATUS(UART_0_BASE, 0);

  // Процесс чтения irq (если байт получен  бит RRDY = 1)
  if (status & ALTERA_AVALON_UART_STATUS_RRDY_MSK)
  {
      // Чтение данных если нет ошибок приема (PE-ошибка бита паритета FE-некоректный стоп бит)
//      if (!(status & (ALTERA_AVALON_UART_STATUS_PE_MSK | ALTERA_AVALON_UART_STATUS_FE_MSK)))
      if (!(status & (ALTERA_AVALON_UART_STATUS_FE_MSK)))
      {
            BufRxUart[UartRxCount] = IORD_ALTERA_AVALON_UART_RXDATA(UART_0_BASE);
            UartRxCount++;
      }
  }