1. Есть С99.
2. Не путайте ошибки и предупреждения.
3. Компилятор работает файл за файлом. Так и устраняйте и ошибки и предупреждения. Если у Вас один файл в 20000 линий, то это, извините, неизлечимо. Вообще-то, надо стремитьса чтобы файл был до 500 линий.
Не берусь никого учить: научить нельзя, можно помочь научиться.

Нет, не один файл. Под 20. Но все равно много строк, согласен. В новом проекте разобью мельче.
Включал и С99, естественно. В ошибки не всматривался, не до того было (см. тему). Однако, компилятор 5.06 компилирует то же без ошибок. Кто не прав?

Не знаю, у кого как, а у меня шестая версия C++ вываливает кучу варнингов и ошибок из заголовочных файлов CMSIS и STM32_DFP. Их тоже все исправлять? Или надо какой-то режим компиляции правильно выбрать?

Код, поставляемый STM, не подлежит обсуждению ввиду очень низкого качества.
Разбивать на файлы надо исходя из принципа инкапсуляции - только то, что совершенно необходимо. Никаких глобальных переменных, все или автоматические или статические. Для доступа из других файлов применяются функции. Кстати, большинство функций тоже статические.

А не прав разработчик, написавший непереносимый или плохо переносимый код! Если достатпчно часто приходиться переносить разнообразные функции в совершенно другую среду - тут переносимость(portability) очень дорогого стоит.

Если предупреждения из-за того что включили педантичный режим, то можно например так:

Ну и включать этот файл вместо оригинального естственно. Если всё еще вылезают предупреждения поотключать их дополнительно можно в этом же файле. Без этого лично мне работать очень некомфортно.

Так он поставляется не для того, чтобы использовать в проектах, а только для примера и когда есть какие-то непонятки по даташитам и что-то не работает.

К сожалению, вынужден не согласиться. Этот код существенно ускоряет создание... демошки, что по определению и есть FSH(food second hand), но часто преподносится как готовый продукт. Вы можете найти требование знания и умения использования Cube к кандидатам на работу. В самом деле, так много мозгов не надо, а за мозги приходиться платить, т.е. очевидная прямая "экономия". Ну еще можно удаленно заказать в какой-нибудь Индии - вот еще экономия. Ну то, что продукт дерьмо, так его GUI украсит и, потом, он не то, чтобы совсем не работает, а так, между изредка и частенько.
Кроме того, силикон развивается быстро и за ним без Индии не угнаться, а что ожидать оттуда?! Опыт подсказывает, что миллиард населения хочет жрать, ну и надо этот миллиард создавать.

А кроме шуток, я тоже использую этот продукт дле reference only - все таки он лучше их документации, написанной не по-английски, хотя английскими словами.