MCP3912 и им подобные. "искаропки" заточены оцифровывать синусоидальные сигналы 50hz.

4-е входных делителя с общей точкой выкинуть или заменить на ОУ невозможно - это основной узел схемы.

ОУ, которые стоят после выходных делителей, были поставлены, чтобы не спалить АЦП процессора,
т.к. при перенапряжении, размах на делителях может достигать 6-7В. Если можно защитить АЦП по другому - предлагайте.

Обращаю внимание, что хотелось бы использовать дифференциальные каналы
для уменьшения ошибки измерений, поэтому при использовании ОУ встаёт вопрос о калибровке нуля для каждого из каналов.
Как попроще эту калибровку произвести?

Вашу идею смещения я понял, но тут один момент: токи через резисторы очень маленькие (максимум 1-2 мА), поэтому, к примеру,
использовать в качестве смещения обычный стабилитрон не получится, т.к. он начинает стабилизировать
при токе 5мА и выше. Питание процессора 3.3В, поэтому оптимальное смещение 1.65В. Может как то другим способом
можно реализовать смещение?

берите необычный стабилитрон, нынче цивилизация далеко шагнула, всякие стабилитроны есть

Можно, через многооборотный потенциометр или подобранные по сопротивлению резисторы.
Далее ставится повторитель на ОУ. Половина от напряжения ИОН или Vcc готова для смещения.

может проще просто честный биполярный АЦП применить. например, я AD7327 применял. Сильно проще в разработке, настройке и обслуживании.

Вообще-то 50 Герц уже несложно и просто на ОУ сдвинуть, сделав усилитель переменной составляющей со сдвигом входа в нужную DC точку.

Upd: а хотите честный дифференциальный измеритель по полной программе- тогда THS4524 Вам в руки. Однополярное питание, биполярный входной сигнал, смещение дифф выхода куда хотите, и 4 канала в одном корпусе. Это я тоже применял, работает шикарно.

U1, U2 - R/R in/out.
V2 например REF196 от аналоговых девиц, от него и аналоговую часть процессора запитать.
резисторы 0,1%.
V1 ном = 3V (задать входным делителем ).
однополярное питание, малое смещение 0 т.к оу с 1 коэф.усиления, диф выход как хочется ТС.

Она не моя, и Вы её не поняли — читайте Википедию про суммирующие усилители.

Также, TL431 ни разу не стабилитрон, а микросхема. Причина, и её устранение,— та же, что в предыдущем абзаце.

Для защиты входов ОУ в инвертирующем включении требуется пара встречных диодов, обычно это BAV99.

Для калибровки четырёх недоступных делителей требуется вторая такая же схема, один эталон сопротивления, соответствующие манипуляции аналоговыми мультиплексорами и достаточное разрешение АЦП, т.е. весьма больше 10 разрядов — причина всё та же, т.е. нежелание пользоваться хотя бы настольным калькулятором.