Если от измерительной, то тем более не позволяет — у данного компонента всё те же защитные диоды на питание, а оно по ТЗ ноль.

Последняя ссылка это TS5A9411 у него опять же 0,5мкА.
У TI лучший вариант TS5A3159.

Это в корне меняет дело! Тогда, вообще, нет ни каких проблем.
Обеспечиваете на МК напряжение питания, заведомо большее, чем на батарее. Подключаете измерительный вход МК к батарее через резистор.
БОльшую часть времени, между измерениями, измерительный вход должен быть переключен на вывод, и на нем должен быть установлен высокий уровень (напряжение питания МК). В этом случае не только не будет токов утечки от измерителя - наоборот, ток будет течь в сторону батареи. Подбором резистора можно добиться полной компенсации паразитных утечек схемы, саморазряда батареи и даже выполнять подзарядку батареи.
Получается результат лучше, чем идеальный. Больше не к чему стремиться.

Тогда придется добавить мелкое реле для коммутации батареи с измерительным входом.

Добавлено:
Впрочем, можно обойтись и без реле, если, например, питание измерится отключается от общей земли.
Это вопрос конкретной схемы.


Сообщение отредактировал @Ark - Nov 6 2016, 21:02

при каком напряжении Uси? биполярный вместо него не подойдёт?

На текущий момент финальным решением принят TS5A3159.

Посмотрите еще на TS12A4514.