Добрый вечер, друзья! Обращаюсь к вам с такой проблемой: недавно приобрел китайскую копию Arduino Mega 2560 R3, установил Atmel studio, и не смог прошить там контроллер.
У кого-нибудь был опыт работы с такой платой в Atmel St?

http://arduino.ru/Guide/Windows
http://arduino.ru/Hardware/ArduinoBoardMega2560 смотреть раздел программирование

И вообще если будете программировать не в среде для ардуино то программы надо прошивать через программатор(отладчик) и он затрет загрузчик прошитый изначально в ардуину.

Через Arduino IDE все отлично программируется, не изобретайте велосипед.

Хотел бы понять, с какой целью разработчики Arduino сделали свой Загрузчик?
Какая в нем выгода по сравнению со штатным In-System Programmable через SPI Port?
Во многих платах Arduino сохранены оба пути загрузки, какой в итоге смысл?
Есть ли что-то аналогичное Arduino по размаху, но у других фирм?

Ардуино предназначен для новичков в первую очередь.
Из плюсов бута - не слетят фузы, не мешает SPI, проще схемотехника CH341 прилепили и все.
Сам пользуюсь бутом для своей поделки одной, проще шить по k-line, чем каждый раз SPI вешать.

Суть Arduino вовсе не в наличии загрузчика. Ознакомьтесь внимательней.
Аналоги Arduino созданы на разных платформах, даже Intel не устоял

Galileo Gen2