так как по цене нынче самые мелкие stm8, и даже stm32f0 почти сравнялись со сдвиговыми регистрами, когда понадобилось сделать очень много небыстрого IO, причем в обе стороны и заодно i2c размножить, вместо спец размножителей i2c и сдвиговых регистров появилась мысль понаставить мелких МК и по SPI в daisy chain их всех собрать.

единственно что напрягает это прошивка и возможный update прошивки для кучи МК, соответственно вопрос: как бы это попроще сделать.
прошивка получается одинаковая и вроде бы если просто запараллелить у всех SWD, то должно получиться, так как какая разница что они там отвечают по SWDIO, отвечать должны все одинаковое.

4 бита лишь под id программатора

Не вижу откуда это следует. Ну и упоминания о нескольких программаторах тоже не вижу.

В тоже время получается, что программировать несколько одинаковых чипов вообще нельзя.

можно, для этого посылается команда выбора определённого камня по его id
разрядность id таргета - 32 бита, перебирайте

Ну да, вот только этот ID уникален для семейства, но не для индивидуального чипа, так что работать с несколькими абсолютно одинаковыми чипами - нельзя.

Это одна из самых тупых особенностей всего этого дела - невозможно точно определить тип чипа если не известен производитель и где они хранят их собственный ID.