Пытаюсь собрать в DS-5 Altera Edition проект BareMetalBoot-GNU (с сайта rocketboards.org)
Тулчейн arm-none-eabi-gcc.
Возникают ошибки типа:
undefined reference to `__bss_start__'
undefined reference to `__bss_end__'
undefined reference to `alt_clk_ext_clk_freq_set'
и т.п.

Что делать и в какую сторону копать вообще?

Копать в сторону скрипта линкера и стартапа.

Для bare metall проектов всегда есть ассемблерный файлик который линкуется по адресу 0 и с выполнения которого начинается всё веселье.
Там в этом файлике происходит копировние всех необходимых секций из ROM в RAM, очистка RAM нулями там где надо, заполнение таблицы прерываний.. и т.д.. Короче всё для того, чтоб дальше Сишный код работал.
Очень похоже, что у вас этого стартапа просто нет.

У вас кстати скорее наоборот - нет скрипта линкера, который переменные __bss_start__ __bss_end__ объявляет, а стартап на них ссылается, но их нет. В итоге фиаско )

Спасибо за подсказку. Скрипт линкера есть, в нём есть такие строки:

и ещё куча всего.

startup.s тоже есть, но он какой-то почти пустой:

и всё. То есть он ссылается только на _start, в скрипте линковки это определено как:


В общем, пока ясности не прибавилось.

Очень даже прибавилось. Все пустое и какое-то стандартное. Вам нужны стартап и скрипт линкера под ваш камень.
Ну, либо вы не распутали историю до конца.

Просто скрипт линкера я не весь привёл, он реально большой. А стартовый код вот такой, да.
Камень Cyclone V.
Ещё раз спасибо, буду дальше думать.