Я не говорил, что он кривой, а баги в нем есть, достаточно историю версий посмотреть.

Как и в любой программе.
За все время работы сталкивался с багами в CV один или два раза, оба проявились на нетипичных сишных конструкциях.
Повторюсь, никаких багов при работе из CV с периферией меги128 не замечал. Просто отладьте программу; компилятор - последнее, что стоит рассматривать, как причину её неработоспособности.

Вау, нашел в чем проблема ! Выключил прерывание Timer3 по переполнению и все заработало. Хотя прерывание от таймер работало исправно, идем дальше, по прерыванию таймер инициализировался значением: 0xFFFF, включаю таймер, ставлю значение: 0x1234, все продолжает работать

Какие мысли у народа есть по этому поводу ?

Разберитесь, с какой частотой возникало прерывание от таймера.
У меня подозрение, что м/к из него не вылезал, и до обработки прерывания от USART1 дело просто не доходило.

Подсказка: обсуждаемые прерывания по убыванию приоритета - USART0_RX > TIMER3_OVF > USART1_RX.

У меня была мысль по этому поводу, таймер генерит примерно 16800Hz

В общем будем считать что проблема решена, всем огромное спасибо за помощь!

Вообще-то такие проблемы решаются довольно быстро в симуляторе VMLAB,там есть такая фича-симуляцяция 2 процессоров.Очень неплохо позволяет отлавливать баги межпроцессорного обмена.
Правда,в вашем случае все было еще проще