Так вроде поток односторонний. Преобразователь RS485-RS232 будет только на прием работать со стороны RS485. Или мы чего-то не знаем опять?
ТС говорит, что до разъема PC все байты доходят. В любом случае, надо дождаться проверки "эталонным потоком", непосредственно в порт.
Нужно локализовать ошибку, прежде чем гипотезы строить.

Давайте начнём с того, что ТС не выдаёт полной картины, а рубит хвост кусками.
Что уж говорить про "нюансы реализации", которые обходятся за три-девять земель.

зы. я даже не удивлюсь, если своей помощью мы ему сейчас на работе могилу копаем.

Да ну прям. Все нормально у меня, только вот времени не хватает ни на что.
Начальство в курсе, что задача не определена по времени решения, договорились что как смогу-так и возьмусь. Сам затягивать не хочу, а то получится- завтра в отпуск, а сегодня вечером клиент прибежал с вопросам про.
Вам действительно нужна поможет полная картина вплоть до цвета стен в комнате где оборудование стоит? Вряд ли. Я потому и не даю полную картину, чтоб не начали сыпать советами стены в другой цвет перекрасить. Проблема локализована участком "на входном разъеме компьютера логический анализатор байты видит, а сниффер в компьютере уже не видит". И зачем множить сущности, рассказывая про симплексы и дуплексы?.
Понимаю, что случаи разные бывают, я за свой уже довольно длительный экспириенс тоже много чего видел и еще больше слышал, но пока что буду копать в данном куске, вот только не знаю когда.

Если есть действительно что-то могущее повлиять на поведение в пределах указанного мной "бермудского треугольника" -то я ж не против чего-нить пояснить. Но множить сущности без нужды не стану.

Уважаемые форумчане, не обижайтесь пожалуйста, если кажется что я из вредножадности что-то скрываю от вас, не так это.

Upd: а как красиво все начиналось, неправильно параметры между тредами передаю, эх, прям прослезиться тянет насколько зеленый был... Интересно, что я через неделю буду думать про сегодняшнее положение вещей...

Расслабьтесь. Все нормально. Через неделю найдете у себя какую-нибудь глупую, дурацкую ошибку в самом неожиданном месте...
Тут методика поиска ошибок должна рулить. Как поймать тигра в пустыне - поделить ее пополам, и посмотреть в какой половине тигр.
Далее повторить операцию нужное число раз. А когда поймаете - тигр уже не так страшен...

Вы в этом уверены? У вас потери были '10-20 байт в сутки'. Логическим анализатором тоже сутки смотрели?

(тяжело вздыхая) шутите, как можно быть хоть в чем-то полностью уверенным?

Мне достаточно того, что я однозначно детектировал наличие проблемы на этом участке, и пока это не решу- следующие вероятные проблемы меня не интересуют.
Сутки, конечно, не смотрел, но несколько часов и несколько раз -да, конечно. В софт даже вставил после детекта ошибки биип для привлечения внимания и передачу мусора в порт для формирования маркера на отдельном канале в файле анализатора чтоб проще искать проблемный участок. Слышу биип- торможу систему записи и раскручиваю файлы логов для синхронизации. по байтикам.

Я бы в такой ситуации попробовал такой вариант (ну примерно) - кто-то генерирует поток, компьютер принимает и отдает эхом. И источник потока получает его обратно и контролирует последовательность на предмет потерь. Как не сошлось - смотрим, как оно выглядело. Шаманство, конечно, поскольку не вполне понятно, где и что ищем. А, подобное уже предложили...

Этого достаточно.

Напишите сюда какие у вас уровни приходят на COM порт? (В вольтах). И какая реальная битовая скорость? (осцилографом померяйте и то и другое)

Ну при чем тут скорость и уровни ? Скорость не совпадает - искажаются символы. Уровни недостаточны (а найти приемник с отличным от примерно плюс полтора вольта порогом не проще, чем крокодила на лице) - опять же искажение принятого кода. А тут байт выпадает полностью.

Разница в скорости может привести к framing error. Выглядеть это будет как пропадание байта. Раница в уровнях может привести к пропуску стартового бита (а возможно и остальных тоже), что может привести к framing error или к прямому выпаданию символа.

Есть какие нибудь другие предположения, что там может быть не так?

Ошибка кадра должна все ж обрабатываться и как-то индицироваться. А если еще и стоповый бит только один, то и дальше должны быть искажения. Что может "быть не так" - полагаю, все ж обработка на уровне системы. Если FIFO нет (или отключено) - запросто. А со скоростью намудрить четко на уровне FE, но без искажения содержимого - это надо исхитриться. Не, я не возражаю, что входной поток скопом или анализатором надо бы глянуть, но тут причина на 99% не в этом.