В проекте несколько слоёв PLANE. Один слой забыл подключить к Net. Так и остался слой заливки не подключенный ни к чему.
Какие галочки, где поставить, что бы DRC ругался на висящий в воздухе Plane? На бесхозные треки ругается, а Planes игнорирует.

не использовать Plane

альтиум импедансы считает относительно плэйнов.

Да, но лучше не ориентироваться на это.