Какие сутки? Вы же писали про ресеты, а не выключение питания.
Если всё-таки выключение питания, то либо ставить батарейку, либо писать надо во флеш.

Как флаг для бутлоадера. В обычном режиме работы бутлоадер сразу запускает основную прошивку, а если есть флаг - то ожидает загрузки новой прошивки по USB.

Как я и думал....
Вы смотрите совсем не туда. __no_init тут не нужен. Как не нужен и инкремент. __no_init для этого адреса должно быть в бутлоадере.
Общий алгоритм таков:
В бутлоадере объявляете этот адрес:
__no_init char flag @ ...;
при старте бутлоадера проверяете сначала флаг причины перезагрузки МК (искать где он нужно в даташите), если сброс был не по причине внутреннего WDT - передаёте управление в основную прогу. Если причина == внутренний WDT и flag != 0 - прошиваете прошивку и flag = 0.
В основной программе объявляете:
char flag @ ...;
А когда нужно обновить прошивку делаете flag = 1 и вызываете срабатывание внутреннего WDT.
Всё.

PS: И я бы лучше указал имя определённой секции (в тех местах где ...), а не абсолютный адрес. А эту секцию в .icf смаппировал на нужный адрес. И в основной программе и в бутлоадере.

Инкремент я привел для примера. В реальности там флаг, примерно как вы и описали (спасибо за подробный пример). К тому же флаг "подписан" контрольной суммой.
Самое важное - что линкер под это выделяет место и что с очередной прошивкой там не окажется случайно не то что ожидаемо.

В Вашем случае важно чтобы линкёр и в бутлоадере зарезервировал тот же самый адрес. Затереть может именно стартап-код бутлоадера.

А разве батарейка нужна только для BkpSram? Часы же сбросятся. Даже и не представляю, какой сценарий использования без батарейки, но с конденсатором на Vbat.