Есть контроллер с одним SDIO, а работать нужно с 3 SD-картами поочередно, как и на чём лучше реализовать такой коммутатор ?

Попробуйте что-нибудь типа TSX0108E. Но идея коммутации сама по себе плохая.

В самом бюджетном варианте пойдёт SN74AHC139 причём должно хватить даже одного корпуса.

это как она же однонаправленная ?
а тут sdio

предполагаю, что проблема в том, что контроллер и SDкарта проходят через разные состояния в некой FSM
и если контроллер не имеет возможности выгрузить текущее состояние и загрузить состояние другой SDкарты, то будет проблема с переключением.
если удовлетворяет режим, что при смене карты можно проводить инициализацию заново - то наверно любой драйвер с третьим состоянием. мы, например, отключали SD карту через TXB0102 (он еще и транслятор уровня), ножек у проца мало было...

Пожалуй подходят FSSD06,FSSD07,TS3A27518E.
Наверно остановлюсь на них, всем спасибо!

Я рассматривал вариант её установки на клок Т.е. работает та микруха на которой есть клок. Остальные висят в параллель.

MAX3390, имеет часть портов в одну, часть в другую сторону и Z-состояние.

А у карты линии по большей части двунаправленные.

Это только один представитель, там даташит на целую серию, есть из чего выбрать.