Да, к примеру Эрконовские HP1-77 гораздо лучше смотрятся, непонятно правда коэфф.деления учитывает погрешности от приложенного напряжения. Вот только категория "ВП", не знаю как автор будет их заказывать Да и потом 1В/5000В это 0,02%, а самый лучший делитель у них 0,05%. Так что без калибровки всё равно не обойтись.
А нужна ли автору такая точность, в лабораторных целях, даже не представляю для чего это может понадобиться

Сказать можно что угодно. 1 ppm/v даст на 10 кВ погрешность в 1%.
Судя по температурному коэффициенту нижегородских высоковольных резисторов, VC у них наверняка больше чем 1 ppm/v.
А судя по другим резисторам, у которых ppm/v нормируется, делитель на одной подложке его если и улучшает, то незначительно.
Свои проценты они измеряют на низком напряжении. Для измерителя в одной точке это не сильно критично, а вот если измерительный делитель делать, то проблема.
Самое правильное купить хорошие резисторы и не мучаться.

Разве есть привязка ppm к вольтам? Тогда получается что-то вроде утечки. Всегда считал что это отклонения вызванные температурой, влажностью и старением.

Наберите в google Voltage Coefficient of Resistance (VCR). Если его нет в характеристиках hv резистора, то его для измерения изменяющегося напряжения не стоит использовать. Я вообще удивляюсь, как в НН из оксида рутения умудряются такие плохие параметры получать. ТКС хуже чем у китайских резисторов из бросового материала.

Посмотрите тут.

Решаю подобную задачу на шунте, двух оптоуправляемых ключах и повышающе-развязывающем трансформаторе. Ключи коммутируют первичную обмотку со сменой фазы. Вторичную обмотку обмеряю копеечным АЦП.

Для безопасного измерения тока можно использовать датчик Холла, например LEMовский. Пропускаете через окно несколько витков провода и меряйте на здоровье.

У меня аналогичная задача.
Не понятно, то есть Вы коммутируете ключами первичную подмагничивающую высоковольтную обмотку ? Если не затруднит, можно схему и почему 2 ключа?
Для разрывания цепи без учета напряжения достаточно было бы одного, а для смены полярности по идее нужен H-мост?

Какая модель и что у него с линейностью характеристики ?
Если нелинейная, чем калибровать?