Есть компоненты с направляющими штырями. Под эти штыри надо сделать не металлизированные отверстия.
Правильно-ли я заполняю свойства пада?

Делаю так:
Properties/
X-Size=0
Y-Size=0
Hole Size=52mil
Advanced/
Plated=non

Или я что-то упустил?

PS Юзаю Protel 99.

Кстати аналогичный вопрос для Altium Designer.
Хочется просто отверстие. Как я понимаю это VIA
Hole Size XXmm
Diametr 0mm

Или можно как ни будь по другому ?

в последнем все есть.
Хоть круглые, хоть квадратные или овальные.
там галочка есть для неметализированных

Я пользую Disigner 6. Там это делается так, как описано у Вас. Можно еще для масок сделать
расширение 0mil (0mm). При генерации NC Drill в файле *.drr эти отверстия будут обозначены NPTH .
И вообще желательно проверять этот файл на предмет правильности отверстий вне зависимости,
gerber или *.pcb вы отдаете в производство.
Разницы в главном между версиями Protel нет.

Спасибо, а то я уж было засомневался.

Это не VIA, а неметал. отверстие.