Цитата(limbast @ Sep 29 2017, 12:04)

Правильно ли я понимаю, что TimeQuest не понимает цепи проекта, а только регистры, пины микросхемы и порты модулей?
Да, все так. Читайте синтаксис команд в хелпе - нужны либо пины, либо порты.
Цитата(limbast @ Sep 29 2017, 12:04)

set clk_100MHz generator|altpll_component|auto_generated|pll1|clk[0]
Причем clk_100MHz это не цепь из моего проекта, а имя, которое я могу теперь использовать в TimeQuest. И такая же ситуация с любыми имена, которые я буду создавать в TCL скрипте. Верно?
Вы задали переменную clk_100MHz со значением generator|altpll_component|auto_generated|pll1|clk[0]. В скрипте её можно использовать после задания, да. Почитайте про язык Tcl
Цитата(limbast @ Sep 29 2017, 12:04)

Команда set_clock_groups -exclusive -group [list $clk_100MHz clk_50MHz_in] говорит, что тактовые частоты асинхронны друг другу. TimeQuest будет считать сдвиги между частотами?
Могу ошибаться, но этот констрейнт говорит, что в проект поступает либо один клок, либо другой. Т.е. эксклюзивно. Асинхронные группы задаются другими ключами.