Приветствую!
Цитата(torik @ May 31 2018, 10:48)

Т.е. ломается что-то внутри IP PCIe. И как ее сбросить, починить не понятно.
А после перегрузки компа PCIe устройство по новой инициализируете? При этом все нормально проходит?
Цитата(torik @ May 31 2018, 10:48)

Сигналтаб прикручен именно к Avalon c PCIe. И когда комп читает, на шине все отлично, а вот комп получает другое значение.
Сложно из далека судить по критерию "на шине все отлично". Если все так отлично на Avalon то прикрутите сигналтап дальше по иерархии непосредственно на вход/выход транзакций с логического уровня PCIe и смотрите сырые транзакции там. И сравнивайте что при этом входит и выходит на Avalon.
Цитата(torik @ May 31 2018, 10:48)

Попробовали чтение исключительно словами 64 бит - ошибка сохраняется.
И кстати, когда работали с windriver под виндой таких проблем вообще не возникало.
Что в винде что в Linux CPU выполняет чтение отмапленой в BAR памяти одинаково.
Если разное поведение при перезагрузке - то значит получается неодинаковые/неполные процедуры инициализации PCIe устройства,
при неправильной реализации логики сброса устройства при холодном (после Power on) и теплом старте (только reset PCie) FPGA.
В любом случае гадать без конкретики на гуще (кофейной ли ?) тяжко, а делать на коленке свой проект PCIe на Cyclone V лениво.
Удачи! Rob.