Перечел документацию и ранние посты на данную тему и уяснил:
1) Что приемник SPI в процессоре не формирует прерывание после приема символа;
2) Активизируются по SS только интерфесные линии;
3) Пусть для генерирования внешнего прерывания для MCU сигнал SS заведу еще и на INTx, тогда по заднему фронту SS будет вырабатываться вн. прерывание и смогу вычитывать содержимое из SPDR.

Это будет работать?
Может есть более красивые решение организации прерывания по приему от SPI в ATmega?