Ситуация - плата с двухсторонним монтажом, на верхнем слое установлены выводные элементы. Отключаем полностью изображение слоя "top" и устанавливаем фильтр выбора компонентов только для слоя "bottom". Массово выбираем компоненты и видим, что выбираются не только SMD компоненты нижнего слоя, но и установленные на верхнем слое выводные компоненты.