Подскажите, пожалуйста, где я мог ошибиться.
Сделал схему, в которой в цепочку JTAG включены XCF01 и XCS30XL. Когда запустил IMPACT в первый раз, он успешно нашел обе микросхемы и прошил память. Со второго раза начал выдавать ошибку 585 (A problem may exist in the hardware configuration…). Выкинул SPARTAN из цепочки, после этого память нормально определяется и прошивается, SPARTAN из памяти конфигурируется. Схему делал как в даташите на XCF, SPARTAN – в режиме Serial Master. В чем дело понять не могу, может я что-то в документации упустил.

Второй раз в Spartan конфигурация уже была загружена, вроде он при этом не виден, если только в загруженном проекте нет поддержки JTAG (сотрите ПЗУ, дерните PROG и, скорее всего, Spartan снова появится). Я тоже как-то пытался грузить конфигурацию в Spartan XL через JTAG - не получилось (танцы с бубном с манипуляциями при старте INIT и PROG, описанные в руководствах, не привели ни к какому результату - программирование вроде шло, а DONE не взводился) - пришлось перепаивать гребенку под Slave Serial. Так до сих пор и не знаю возможно ли это вообще.

По моему, мне в своё время помогло следующее.
В проекте на INIT вывести 0. Иначе загрузка по JTAG не шла.

где то на сайте Зайлинкса в ансвер датабейз был ответ что при запрограммированной флешке (и не тока) на житаговский клок ФПГА дает так же и ССЛК клок на память... проблему решали держа инит в нуле

Да, действительно все так и получилось. После стирания ПЗУ и восстановления цепочки Impact опять увидел оба девайса. Нужно было просто внимательнее документацию читать, я то думал, что в SPARTAN XL для поддержки JTAG никаких особых действий предпринимать не надо. Порылся в хелпах на Foundation, наткнулся на компонент BSCAN, вставил в проект, теперь SPARTAN виден по JTAG всегда и прошивается по JTAG вроде тоже успешно.