На оценочной плате Nios II (на борту EP1C12Q240) прогоняю простой пример по поджиганию светодиодов. Что-то вроде:

Если в настройках проекта опцию "неиспользуемые выводы" установить в положение As input tri-stated, то все фунициклирует согласно законам мироздания. А если оставить по умолчанию As output driving ground, то лампы пользователя не горят вообще При этом также возникают проблемы с SignalTap'ом - матюгается "JTAG communication error" и "No Instance found".

В чем может быть загвозка?

На оценочной плате Nios II (на борту EP1C12Q240)
///////////////////////////////
оценочная она наверно для всей перефирии вокруг кристалла. Допускает изменение проекта без изменений ассигнований где вход, а где выход. И если гонять одни светодиоды без исследований на конфликты по контактам ввода вывода, наверно без конфигурирования неиспользованных пинов как входы по третьему состоянию не обойтись.

Некоторые выводы ПЛИС данного кита соединены с контроллером конфигурации. Вот и получается, что установив в режим не As input tri-stated у вас начинаются проблемы с платой. Это же касается и других отладочных комплексов Alter'ы.

Звучит правдоподобно. Однако, попробовал добавить эти сигналы epm_CPLD[4..0] (если Я правильно понял, то Вы имели ввиду именно их) в проект как входы, подключил их заодно к светодиодам, чтобы посмотреть состояние (на двух контактах 0 показались, на остальных трех - 1; хотя от этого ни тепло ни холодно, т.к. нигде не задокументировано, что эти сигналы обозначают). Эксперимента ради вновь поставил As output driving ground для неиспользуемых пинов... Та же фигня

Смущает также, что даже при начальном варианте (назначены только пины с лампочками, unused pins as output driving ground) в логе Квартусятины писалось:

Info: Configuration succeeded -- 1 device(s) configured
Info: Successfully performed operation(s)

Т.е. загрузка вроде как проходила... А лампочки не горели.

Это что касается прошивки конфигурации. Психоз SignalTap'а, используещего транспортный механизм JTAG, скорее всего действительно связан с CPLD.

Конфликты несомненно есть. Исследовать их лениво Просто хотел осознать физический смысл произошедшего.

На первый взгляд окромя контроллера конфигурации активно влиять на жизнедеятельность Циклона другие подключенные к нему компоненты (Flash, SDRAM, Ethernet) не должны. Опыты с соединением между FPGA и контроллером конфигурации Я описал в сообщении выше. Пока причину найти не удалось.

Пока причину найти не удалось.
//////////////////////////////////
Роману Николаевичу в Эфо позвонить.

Мне с Altera на такой же вопрос ответили:
"Did you set your project so that all unused pins were tri-stated? You can do that in the Assign-Device-Device and Pin Options button, then unused pins tab. Make sure they are set to "as inputs tri-stated. Bizarre functionality can sometimes happen on our kits when zeros are driven to all components."