Проблема, при переносе компонента с верхнего слоя на нижний RefDes отображается зеркально, компонент создан на верхнем слое. Необходимо распечатать монтажную схему а там поз. обозначение в зеркале. И как быть с шелкографией? Будет отображаться тоже в зеркале на плате при нанесении.
В Schematic е можно RefDes двигать относительно компонента Shift том а как в PCB мне непонятно.

Когда задаешь какие слои выводить на печать, включи опцию "mirror".
При производстве плат с шелкографией надписи будут нанесены правильно.

В Schematic е можно RefDes двигать относительно компонента Shift том а как в PCB ?

Точно так же.

Так и должно быть. Т.к. на плату ты смотришь "на просвет", сзади нижний слой, спереди верхний.