Т.е. на входа всего проекта нашел и оно даже в моём случае приемлимо, но хочется по честному, как надо.

В Quartus II:

Assignment Editor:
From = ''
To = 'pin_name'
Assignment Name = 'Weak Pull-Up Resistor'
Enabled = 'yes'

Там же можно посмотреть к какому пину привязан:
Assignment Name = 'Location'

Спасибо. Только я не очень понял, оно можно текстом писать?
Я просто в custom columns добавил колонку 'Weak Pull-Up Resistor' и уже в ней поменял всё как надо.