Получили новую плату, на которой стоит XC3S200. Программируется от процессора в режиме Slave Parallel.
В Xilinx ISE сделали простейший проект - на одну ногу, объявленную как вход - подаем импульсы. Через инвертор транслируем этот сигнал в FPGA на выходной pin. Получаем bin file, грузим его в FPGA (по окончании загрузки получаем сигнал DONE). Смотрим на выходном pin'e - глухо висит "1".

Может есть какие мысли у знатоков Xilinx'a?