1. На сколько я понял в исходниках к xapp502 для заданного режима биты передаются начиная с LSB,
тогда как выше говорилось, что требуется "Задвигать данные со старшего бита байта" - как все таки правильно?

3. Судя по рисунку 6 из даташита(ds099.pdf) после INT_B -> 1 данные должны начинать поступать со второго фронта сигнала CCLK - я правильно понимаю?

Для Spartan-II в режиме SerialSlave биты действительно надо задвигать начиная со старшего бита байта. Со Spartan-3 еще не успел поиметь дел, поэтому ничего точно сказать не могу.

In serial configuration mode, the FPGA is configured by loading one bit per CCLK cycle. In
Master Serial mode, the FPGA drives the CCLK pin. In Slave Serial mode the FPGAs CCLK pin
is driven by an external source. In both serial configuation modes, the MSB of each data byte
is always written to the DIN pin first.

The standard bitstream, currently generated by BitGen, follows the format shown in Table 8, Table 9, and Table 10. This format assumes D0 is considered the MSB. It has been broken into three tables to follow the three command sets described in the previous subsection.

Объединяя (1) и (2) можно очень легко придти к выводу, что задвигать нужно начиная с LSB в x86 архитектуре. Да и многих других.

Если не ошибаюсь, то 'currently' было в декабре 1999. Могло и поменяться, не даром Xilinx поставила это слово.

Нехорошо перечить админу, посему высылаю файл прошивки для Spartan-2E и программу, написанную для загрузки оной через CPLD стоящую на ISA (*.bin - сгенерирован на ISE 7.1, *.cpp слеплен на BC 3.1). Естествено все это работало, и даже неплохо.

Since the configuration bitstream will be loaded into some memory connected to the processor,
most likely it will have to be formatted in a way that the processor (or whatever device programs
the memory) can use. There are a number of different formats that the Xilinx tools can produce.

Generally, either the .bin or .hex files are the most useful data source for programming
non-volatile memory. Some additional formatting may be required, and the Perl script included
with this application note (bitformat.pl) can provide some assistance. This Perl script uses the
.bit or .rbt file as a source and produces a user-customizable ASCII file that can be helpful in
programming the on-board memory. Xilinx implementation software must be installed on the
machine running this Perl script because the PROMGen program is called from within the script
(For details, see the bitformat.readme file that is included).

In terms of data ordering, Slave Serial configuration is very simple. Start with the first bit in the
bitstream and load one bit at a time until the end of the file is reached.

Data ordering for SelectMAP configuration is slightly more complex. Configuration data is
loaded one byte on each CCLK, and the MSB of each byte is presented on the D0 pin, not the
D7 pin. Because of this non-conventional ordering, presenting the data “as is” from the .bin file
is generally incorrect. The reason is that most processors interpret D7 (not D0) as the most
significant bit in each byte. Connecting D7 on the processor to the D7 on the FPGA SelectMAP
data bus effectively loads the data “backwards.” Thus, the configuration will not be successful.
For this reason, the source data stream may need to be “byte-swapped.” This means that bits
in each byte in the data stream are reversed. Figure 3 shows two bytes (0xABCD) being
reversed.

Notice that the MSB of each byte of the data needs to go to D0 regardless of the orientation of
the data. However, in the byte-swapped version of the data, the bit that needs to go to D0 is the
rightmost bit and, in the non-byte-swapped data, the D0 bit is the leftmost bit. The Perl script
included in this application note can be customized to produce byte-swapped files or not, as
needed (see the bitformat.readme file for details). In the Xilinx software, the .mcs, .exo, and
.tek files are always byte-swapped, and the .bit, .rbt, and .bin files are never byte-swapped.
Hex files may be produced byte-swapped or not according to command-line options.

По синхронизационным кодам в *.bin файле можно точно сказать, где лег MSB, а *.cpp запихивает MSB(в смысле x86) в ПЛИС первым. Если чего не так, поправьте меня.

Добрые люди подскажите начинающему где найти исходники под микроконтроллер(лучше какой нибудь Атмега128), для загрузки с него плис и документирование описание сего процесса.

2. Требуются ли дополнительные тактовые импульсы по окончании загрузки и где про это почитать?


Требуются. Так называемые импульсы StartUp clock. В данном случае - CCLK. А почитать про это можно в DataSheet в разделе конфигурирования ПЛИС. На эту тему есть иллюстрация - Figure 25: Default Start-Up Sequence.