чтобы получить быстрый меандр надо использовать выход OCP любого таймера и правильно настроить схему сравнения и режим таймера, тогда и никакие прерывания не потребуются, и контроллер не будет отвлекаться, все будет работать аппаратно.

А какую программу программатора вызывает бат-файл? Если там avreal32, то в опции -f добавьте (измените) -fCKSEL=A

Выводы уже заняты под порты общего назначения (плата уже разведена), приходится делать на прерывании. Хочу сделать на таймере1, настройки следующие:
TCCR1A= 0x00;
TCCR1B= 0x01;
OCR1AH= 0x00;
OCR1AL= 0x05;

TIMSK_OCIE1A = 1; //разрешение прерывания по совпадению А

#pragma vector = TIMER1_CAPT1_vect
__interrupt void TM1_CP1(void)
{
PORTD_PORTD7 = !PORTD_PORTD7;
TCNT1 = 0;
}

по переполнению работало, по совпадению что то не вижу частоты на ножке

Да, авреал, добавил фузы в конце. Т.к. по умолчанию проц работает от 1МГц, а кварц 4МГц, то после установления фузы все должно заработать в 4 раза быстрее (например светодиод должен моргать быстрее, т.к. мигает по таймеру), но ентого не наблюдается

Вы не на то прерывание повисли. CAPTURE - это захват, копирование значения таймера в регистры OCR в момент прихода внешнего сигнала. Вам нужет вектор COMPARE. Это во-первых. Во-вторых используйте режим CTC или FAST PWM таймера - тогда он будет сбрасываться автоматически.


Закоротите кварц пинцетом. Если все остановится - меняйте кварц, он у вас не той системы (рассчитан на работу с третьей гармоникой). Если будет продолжать работать - разбирайтесь с фузами. Считайте их, сравните.