Загрузка кристалла небольшая, когда грузится из Flash все нормально, когда напрямую все тоже в основном работает, но какие_то вещи не прописываются (которые в основном и нужны). Как такое может быть.

Что именно у Вас не прописывается и что Вы подразумеваете под "когда напрямую"?

Один и тот же проект загружается из FLASH(XCF08) и напрямую в кристалл(S3-1.5) через JTAG. В обоих случаях загрузка проходит нормально и программа начинает правильно работать, но во втором случае некоторые цепи не работают, самые простые (то Ghipscope не увидит, то делитель на 2 не заработает). Специалисты говорят, что бывает.

Уменьшить частоту работы при загрузке по JTAG - пробовали?

А как это сделать, полдня искал в Impacte.

Частота JTAG здесь не причем!

2 konoval1 Вы специально пишите вопросы, чтоб никто ничего не понял?

А в чем же тогда дело?
У меня есть одна аналогичная платка, в которой наблюдается подобный глюк.

Подобная проблема наблюдалась всякий раз и в разных проектах, когда использовались опорные конденсаторы небольшой емкости (обвязка ПЛИС по питанию). Необходимо использовать бОльшие емкости с целью обеспечения стабилизации напряжения, особенно это критично при конфигурировании кристалла. Он потребляет большой ток, и если питание не дотягивает - конфигурация завершается с ошибкой.

Пробуйте добавить емкости в каждую из цепей питания. Кстати, из прошлого опыта, Xilinx требует питания на каждый блок, даже если ни одна ножка не используется.

Удачи...

Угу похоже на то. Поменял кондеры, нашел одну незапитанную ножку по портам. Вроде все ОК.