Не совсем понятна постановка вопроса... Попробую предположить, что хочет получить
в конечном итоге на выходе автор.
Если требуется получить двоичный код положения, то возникает вопрос - с каким разрешением?
Если достаточно двухразрядного кода (т. е. с разрешением 90 градусов), все довольно просто.
Используем датчики нуля (по одному на каждый канал) и простую логику низкой степени интеграции.
Это простое и дешевое решение.
Когда необходимо более высокое разрешение (N= 3 - 8 разрядов), все можно построить на основе
системы ФАПЧ со счетчиком-делителем в петле обратной связи с разрядностью счетчика N,
равной требуемой разрешающей способности и с ГУН с опорной частотой, выше входной
частоты в 2 в степени N раз. Например, входной сигнал как у вас 2MHz, требуемое выходное
разрешение в двоичном виде N=6 разрядов (или в абсолютном выражении 360/64 градусов) -
берем 6-ти разрядный счетчик и выставляем ГУН ФАПЧ на опорную частоту 2*64=128 MHz.
Достаточно использование только одного входного канала. Для построения систем с ФАПЧ
выпускается довольно широкая номенклатура ИС (однокристальные решения). При таком решении
схема практически нечувствительна (в отличии от реализации с АЦП) в широком диапазоне
от амплитуды входного сигнала, формы входного сигнала и от качания входной частоты
(в заранее определенном диапазоне).
На практике я построил ранее схему углового положения вала электродвигателя с разрешением
360/256 градусов (8 разрядов), где в качестве входного датчика использовалась оптопара
с открытым оптическим каналом, прерываемым диском с одним единственным отверстием по
окружности. Входная частота была, конечно, ниже, чем у автора головного posta. но принцип
построения абсолютно тот же.

Ну а как ваша система определяет положение ротора неподвижного или очень медленно врашающегося двигателя?

Описанная мною система ФАПЧ (классическая, аналого-цифровая) позволяет без особых
ухищрений работать в нижней части диапазона с сигналами с входной частотой от 0,1 Hz. Существует
также схемотехника построеня полностью цифровых систем ФАПЧ. Такие решения позволяют
работать со сколь угодно низкими частотами, но отличными от нулевой частоты. То есть положение
неподвижного ротора двигателя таким способом определить нельзя. Каждой задаче - свои
решения.

на сколько я нонимаю - энкодер, который имеется в виду
насажен на вал двигателя и представляет собой или 2 датчика холла - тогда работа начинается со сколь угодно малой скорости или магнит ротора и обмотки, которые ловят дифференциал магнитного поля - при этом работа с часто порядка единиц герц начальных ускорений порядка 2-5 оборотов в секун ду

как правило - для управления синхронным двигателем с 2-мя орто обмотками никакой линеоризации не нужно - нужно просто выдать сдвинутый принятый с энкодера и усиленный силовой сигнал в обмотки возбуждения мотора - или с помощью шим, или линейным способом - а для получения заданной частоты использовать функции торможения или разгона.