Послушайте, а в качестве генератора 16.384МГц Вы что используете? Если кварц с инвертором на ПЛИС, то может быть у Вас сбоит схема генерации и кварц периодически "срывается" на 3-ю гармонику... Тогда всё объяснимо.
Без деления выведите на внешний пин циклона эту частоту 16.384 и посмотрите на неё чем-нибудь приличным - может там частота плавает.

или попробуйте с вашего генератора подать 16.384 МГц, если есть такая возможность
советов у нас много, мы не жадные

Ну, ИМХО сперва нужно посмотреть, какие сигналы выдает фреймер. Если длинельность его сигналов составляет 1 период выходной частоты PLL, то может возникать проблема из-за рассинхронизации частот которые подаются на ФИФО (т.е., если исходная частота с генератора, и выходная частота PLL фреймера сдвинуты по фазе непойми как, и чуть-чуть отличаются).
Есть статьи Клиффа Каммингса по организации асинхронного фифо, где такие моменты рассматриваются, например :
http://www.sunburst-design.com/papers/Cumm...002SJ_FIFO1.pdf
или
http://www.sunburst-design.com/papers/Cumm...002SJ_FIFO2.pdf
или
http://www.sunburst-design.com/papers/Cumm...SJ_AsyncClk.pdf

И еще много полезного можно найти здесь : http://www.sunburst-design.com/papers/

Я подавал на ПЛИС с генератора частот 16,384 МГц(лабораторного прибора) там делил и 2048 на фреймер. Так тоже не работает. Тоесть дело в Плис?

Имхо не в плис. Прочтите внимательно еще раз мой предыдущий пост.

Все таки непонятно где именно происходит рассинхронизация. Откуда и куда передаются данные? С одной стороны частота 16384 от фреймера, а с другой? Частота 16384 от генератора? Или еще что-то? В принципе частота от фреймера не обязана быть синхронной с опорной частотой 2048 в режиме синхронизации от линии.
Опять же используется ли PLL? Выходной сигнал от фреймера нельзя подавать на вход PLL циклона из-за наличия большого джиттера.