Проблема заключается в следующем.На плате стоит Cyclon2 -AT17F040A из Quartusa прошивается плис
без проблем, сигнал ConfigDone выставляется в "1" плис работает в нужном режиме, если тот же самый квартусовский проект заливать на ПЗУ через программу Atmel CPS8.05 (при этом тоже все отлично заливается верифицирутся) , при пересбросе питания питания идет CLK,DATA (проскакивает пачка импульсов по осциллу) только вывод ConfigDone не выставляется в "1" и ПЛИС не работает в нужном режиме.Судя по тому что шьются обе микросхемы обе они живые , только не могут работать в паре.
Все сигналы подтянуты к питанию 10К.
Посему возникает несколько вопросов. Должна ли ПЛИС выставлять ConfigDone при конфигурировании с ПЗУ? Что еще посмотреть?

На вскидку - проверить установленный режим конфигурирования Cyclone и запрограммированную полярность сигнала Reset у AT17.

Режим PS Все проверено. Все работало. Что произошло не могу понять, данные переходят, но ПЛИС не работает в сконфигурированном виде. Микросхемы все меняли. Где и какие настройки смотреть еще. Вроде бы у АТ17F040A не конфигурится Reset, по крайней мере пунктик не подсвечивается.