Может кто сталкивался вот с такой проблемой:
Не получается отладить код на асме в AvrStudio(4.12 SP4 пробовал 4.13) через ICE mkii, проц mega640. Программатор шьет hex, фьюзы и тд. Вхожу в debug – он заливает прошивку, останавливается на 0-векторе и ждет команду, далее чтобы не нажал (RUN, Step, …) выкидывает окно с сообщением «Platform has been disconnected, leaving debug mode».

А фьюз разрешения дебажить OCDEN ставите?

OCDEN ставлю, перепроверяю, но как только вываливается из debug он почему то снимается

Могу только объявить что я работал плотно и с 640 и с 2560 мегами. У меня 4.12 SP2. (Поленился качать) Всё прекрасно работает. OCDEN и JTAGEN там открыты по умолчанию. Работаю на 14745600 при 3.3V. Работает просто достаточно устойчиво. По первости возникали проблемы. Я решил их укорачиванием JTAG кабеля. Сейчас он составляет 10см (кроме родного конечно).

Поставил AvrStudio 4.12 SP2 и подбирал "Target clock frequency", запустилась отладка на частоте
100 KHZ, увеличиваешь или уменьшаешь частоту даже на 1KHZ вылетает окно ошибки, с AvrStudio 4.12 SP4 даже на этой частоте не работает.
Поскажите какое значение у Вас, частота кварца 11.059 MHZ

Вставлю свои 5 копеек
AvrStudio 4.13.528. JTAGmkII, Все работает без проблем с первого включения, работало и с 4.12 , Target clock = 1MHz; ATmega1280, 11.0592MHz, 5V. OS - WinXP SP2 без обновлений.
Может у Вас с виндой не все в порядке?

Я использовал по умолчанию 1МГц.

Примерно такая же проблема, не разобрались до сих пор. В меге640 слетает фьюз ON CHIP DEBUG ENABLED. Его программируешь, а после отладдочной загрузки его просто нет. Также прошивается и встаёт. Смена версий Студии никакого результата не принесла. Всё точно также. Проблема такая наблюдается пока с одним чипом.

Так навсякий случай спрошу? Аналоговая земля и аналоговое питание на контроллер заведено?

Не могу утверждать. Попробую проверить в ближайшее время, но по-моему у меня работает как с OCDEN так и без него. Главное чтобы JTAGEN был включен.