Подскажите программатор для внутрисхемного программирования микросхем DataFlash.

Не совсем ясно - чего Вам нужно...есть два интерфейса (или паралельный / или последовательный)
Если on-board стоит какой-нибудь CPU, и работает с энтой Flash-ю, то проще организовать процедуру записи с ПОДГРУЗКОЙ через UART (например)
А если а-ля карточка с параллельным интерфейсом- то выдергиваем карту, SPI разъемом переключаем SER/-PAR в SER и шьем любым контроллером или готовым программатором (у Атмела наверное искать надо)
Вариант третий - ISP программатор переводит основной CPU в сброс (делается Z-состояние всех линий) и по тем-же линиям шьет aT45... Надеюсь, что помог.

Могу подкинуть мой исходник по уарту с мегой 8. Там реализовано чтение 45 флэш по уарту, Но с преобразованием в текст (Чтоб через терминал могно было накопленные данные сливать). Или для 8535 там бинарник, но и моя прога на делфи (к тому же не до конца отлаженная прога 8535).

Ситуация такая: стоит Blackfin, к нему через SPI подключена Dataflash. На данный момент я не располагаю информацией: можно ли через UART загрузить в Blackfin загрузчик, который потом бы прошил Dataflash(знакомлюсь с этим процессором). Но хотелось бы иметь отдельный программатор с помощью которого можно было программировать SPI Dataflash. Если можно, то скиньте мне прошивалку по UART.

Законченной (ОТКРЫТОЙ) прошивалки не вижу, но можно быстро ПОДсмотреть здесь и сделать очень простой девайс (и UART и SPI легко софтуется на 2313 и т.п. примеры от атмела:
AVR304: Half Duplex Interrupt Driven Software UART
AVR305: Half Duplex Compact Software UART
AVR320: Software SPI Master ). или МЕГу какую-нибудь маленькую....