воспользовавшись SAM-BA, я записал свою программу(.bin), но видимо стёр boot программу,- не по тому адресу записал наверно. Как теперь восстановить boot с помощью Jtag-a?, чтоб я снова мог работать через SAM-B-у?

SAM-BA в ROM, стереть её проблематично :-)
восстановить ножкой TST.

а еще докучи перед этим дернуть erase =)

PS если поставлен бит защиты, самба не запустится, надо стереть erase-ом

пробовал и TST и Erase
т.е. пипы PA0, PA1, PA2 в единице, подаю та TST единицу, якобы boot должен восстановиться, запускаю SAM-BA - не конектится, потом на Erase даю единицу, потом TST.., не помогает. Может какаето защита установлена? или в не правельной последовательности действую?

А генератор внутренний запускается? Может у вас просто коннект пропал.

ROM перешить никак.. вся защита в самах снимается пином erase.. смотрите по схеме, скорее всего что-то отвалилось

Извиняюсь за опечатки. Вопрос был решен.