Перекосит базовую линию, она станет наклонной. Чуть улучшится сигнал-шум. Может появится растекание заряда на соседние пиксели. Ну и незабываем, что у TCD1304 две сдвиговых регистра, т.е четные и нечетные пиксели вычитываются через разные регистры. Желательно иметь возможность регулировать крутизну фронтов клоков, хотя бы на стенде. Слишком крутые фронта-не есть хорошо.

2 khach.
Какой АЦП посоветуешь для оцифровки (желательно, наверное, с параллельным интерфейсом?)? И вообще с помощью AVR контроллера реально работать с TCD1304?

В свое время применял AD7894. На сканерные линейки для спектроскопии хватало с запасом- все равно они шумели сильнее, чем младший бит. С АВР- нескажу, если хватит внутренней памяти то особых проблем нет. Сейчас предпочитаю АРМы. Кратко система такова:
Тактовые сигналы и управление ключами CDS - на мелкой плисине, типа XC9572. Счетчик пикселей- таймер внутри проца. Интерфейс АЦП- сериальный SSP. Мелкий ЦАП 10 битный для компенсации оффсета. Интерфейс- USB.
На более продвинутой системе- сейчас довожу до ума АЦП- PulSAR 18-битный AD7679, AD7691 итд. ССД- hamamatsu back thinned c двойным пельтье.

Спасибо за инфу, буду работать