Доброго времени суток.
мне необходимо помесить в ПЛИС контроллер ATmega128.
где можно скачать vhdl код для этого контроллера?
будет ли работать JTAG для него в ПЛИСене?
И если прошить этот контроллер ( в ПЛИСене) программой,
она будет работать после выключения и включения питания?

Есть ATmega103 VHDL core на opencores.org - http://www.opencores.org/projects.cgi/web/avr_core/overview
В инете есть то же самое, только на SystemC, если интересно посмотрите в поисковиках. Еще может подойти http://www.opencores.org/projects.cgi/web/pavr/overview, AVR с глубоким ковеером.

JTAG будет работать, если он в данном ядре контроллера, которое вы скачаете, предусмотрен. Про питание, если правильно понял, вы через JTAG хотите загрузить в контроллер программу ? Нет, после сброса питания работать не будет, поскольку те данные, что вы загрузите в ПЛИС, будут утеряны. Для того, чтобы работало, в ядре контроллера должна быть предусмотрена загрузка из энергонезависимой памяти. Лично все не проверял, но вроде как обычно память программ для контроллера организуется в виде RAM блоков ПЛИС, работающих в режиме ПЗУ, соответственно, программа храниться в конфигурационной памяти ПЛИС. Однако ничто не мешает написать загрузчик, работающий с внешней энергонезависимой памятью.

Огромное спасибо.
Вполне исчерпывающий ответ.