На первый взгляд все в порядке. Но на мысли наводит то, что Вы используете PLX9050, который может быть настроен совершенно по-разному. Например, у него может быть включен Prefetch для используемого Вами региона, который некорректно обрабатывается на локальной шине PLX. Запись может приводить к тому, что буфер Prefetch'a для чтения сбрасывается и мост еще раз производит чтение - на этот раз уже правильно.

Каковы настройки моста и его локальной шины? Думаю, что копать нужно в этом направлении.

Немного не понял.....(((
Про ПЛХ9050, я имею ввиду что он работает нормально.......
Данная проблема(с записями FF) проявляется на Target(e) собственной разработки (Spartan2)

Пардон, я уже переключился на него.
Вернемся к одному из исходных вопросов - Вы свой Target моделировали?

Бывает.......

Да...
Начиная от конфигурирования, заканчивая обращением к портам I/O, результаты моделирования вроде нормальные(не гуру... но все же)

Если результаты моделирования нормальные - следующий этап - посмотреть, что творится на шине. Для этого можно воспользоваться замечательным средством под названием ChipScope Pro, с помощью которого можно захватить сигналы на шине в нужный момент и посмотреть, что выдается на шину.