Можно ли заставить JTAG ICE mkII программировать (не отлаживать, а программировать) микросхемы из IAR?
Или существуют ли какие нибудь автономные программы (не AVR Studio) для работы с JTAG ICE mkII???

Вы знаете стоимость его такова, что с учётом ещё такой классной детали как выходной разъём, - я не буду его использовать как программатор. И вы уж извините за навязчивость, и вам не советую. Учитывая что он позволяет программировать только малый класс кристаллов и только в режиме низковольтного последовательного программирования, то стоимость его как программатора вообще равна нулю! Проще спаять обычный AVREAL за пол дня на коленке и потратить 5 рублей. Он обладает множеством преимуществ.

Кстати интересно почему Atmel не добавил возможность программирования всех чипов по ISP через него. Ведь программирование через ISP, для всех чипов, которые можно им отлаживать поддерживается. Я даже попробовал прошить M8 выбрав M88 - прошилась на ура.

AVR Command Line Tools (beta)

Installer for the AVR command line programming tools for STK500, AVRISP, AVRISP mkII, AVR Dragon, JTAGICE and JTAGICE mkII. The installation is a sub-set of the AVR Studio 4 installation, and does not contain files related to the AVR Studio GUI, the help system, or the ICE50 emulator. Users that already have AVR Studio 4 installed do not need to install this package.

http://www.atmel.no/beta_ware/

Простое свинство со стороны атмел.



Не сообразил. Короче нашего человека ничем не уймёшь.

Просто лениво было инструмент менять ради прошивки одного чипа... ;>

Можно ли заставить JTAG ICE mkII программировать (не отлаживать, а программировать) микросхемы из IAR?
Можно. Не запускайте отладку. Из AVR студии запустите AUTOconnect. А потом прошивайте FLASH, EEPROM, FUSES и т.д. Как хотите. Шьет быстро, проверяет правильно ли зашито.

А можно просто программировать через ISP без JTAG. Сотворить схему как описано в даташите и шить с помощью PonyProg например.

Зачем схему творить когда есть MK2?!
можно программировать им через ISP.