В программе используются все выводы мк (Мега32). К выводам TCK, TMS,TDO,TDI через разъем подключен АЦП (AD7730). Для отладки спаял JTAG. Подключается вместо АЦП.
Собственно вопрос такой:
Надо ли в программе отключать процедуры обращения к АЦП чтобы не мешать JTAG ? Или JTAG переключает эти выводы по своему усмотрению?

При отладке можешь забыть про использование портов TCK, TMS,TDO и TDI по своему назначению. Ну а во вторых у твоего АЦП наверняка есть сигнал выбора кристалла CS.

Когда включены фьюз-биты, отвечающие за JTAG и отладку, то эта функция перекрывает все остальные, и АЦП и входы/выходы общего назначения и любые другие функции.

Можно по-подробнее? очень интересна схемка и по.