Я раньше использовал AT90S2313 и программировал их на AVR Studio 4 v. 4.12 Service Pack 4.
После всех начальных установок ( Fuses, Adresse HEX-file и т.д. ) оставалось только подключить плату к программатору и нажать Start в меню "Auto" . По окончании процесса просто отключал старую и подключал новую плату и снова жал Start. Всё было ОК.
Поскольку чип AT90S2313 снят с производства перешёл на ATTiny 2313. Всё программируется нормально, но если я остаюсь в меню Auto и подключаю новую плату, то программирование идёт криво - плата не работает. Возвращаюсь в меню Fuses и вижу, что все установки фузов слетели. Приходится каждый раз возвращаться в меню Fuses и восстанавливать все фузы - такая достача ...

У кого-нибудь есть идеи, как этого избежать ?

Я просто стал шить tiny2313 через AVR-OSP II
Но и при этом как-то умудрился один раз запороть фуз SPIEN

В AVRstudio процесс програмирования можно запускать из ком.строки, вернее - даже студию запускать не обязательно. Рабочий пример из хелпа:

stk500 -ccom1 -ut4.5 -ua4.5 -!3686000 -I460800 -dATMEGA8515 -lFF -fD9E4 -ms -ifC:\input.hex -pf -vf -e

Description:
stk500 Runs the file stk500.exe
-ccom1 Select comport #1
-ut4.5 Set the target voltage (4.5V)
-ua4.5 Set the Analog reference voltage (4.5V)
-!3686000 Set STK500 clock frequency to 3.68MHz
-I460800 Set ISP frequency to 460.8kHz
-dATMEGA8515 Set device to ATmega8515. Type "stk500.exe -h" to see all supported devices
-e Erase flash
-lFF Set lockbits to 0xFF
-fD9E4 Set fuses to 0xD9E4, High byte 0xD9, Low Byte 0xE4
-ms Select serial programming mode
-ifC:\input.hex Selects file "input.hex" to be programmed into flash
-pf Program flash (with the selected file above)
-vf Verify flash (with the selected file above)

Все параметры задаются непосредственно в ком.строке и не надо думать о "слетающих галочках" в разных меню.