В своё время делал примерно такую же вещь, как у Вас. Проблему конфликта прерываний решил просто:
1. при получении прерывания просто взводил флажок (позднее написал менеджер соощений);
2. основная программа после завершения всех необходимых операций усыплялась инструкцией asm HALT. Проц просыпался после взведения любого прерывания, в т.ч. и интересующего меня. После его пробуждения выполнялись обработчики прерываний (невидимо для основной программы), после чего достаточно было проанализировать флажки, и при необходимости слить буфера.
Вообще, заниматься дисковыми операциями из-под обработчика прерывания - очень скользкая и малопредсказуемая штука. Возможны конфликты - что у Вас время от времени и происходит. Мой Вам совет - пользуйтесь механизмами флажков или сообщений между независимыми процессами.
ЗЫ: Если интересно, скажите - и я выложу свой менеджер сообщений. Штука примитивная, отлаженная и нормально работающая.

Да, очень интересно. Если можно выложите плизз сюда или на мыло: guest@gorodok.net.

Я с такой проблемой сталкивался лет 15 назад. Задокументировано, но не помню где, какие функции ДОС можно вызывать из прерываний. Обращение к файловой системе не входит в их число.
У меня решение этой проблемы было подобно Вашему. Из прерываний писалось поочереди в 2 буфера, а в основной программе опрашивались флажки заполнения буфера, и происходила запись в файл.

Выкладываю.
Там всё написано без комментариев, поэтому сейчас накропал текстовый файлик с кратким описанием. За давностью лет многое забылось, но основные моменты, думаю, я осветил. Там же есть образец использования этой штуки, надёрганный из двух (!) рабочих программ. Так что если найдёте там логические и прочие нестыковки - не удивляйтесь.
Если возникнут вопросы - спрашивайте, буду отвечать. А вообще там всё трогательно просто, так что разобраться будет несложно.
Успехов!

Спасибо, проблему решил. Вынес все процедуры считывания и записи из обработчика прерывания. Загнал их в бесконечный цикл (почти бесконечный ). В обработчике сделал флаг, когда считывать. Всё работает.
ЗЫ: За мессенджер особое спасибо. Поразбираюсь.