Примнеял HER307 FR306 - они сильно греются при среднем токе 1А и частоте переключения 10-20кГц. Подозреваю что это из-за большого внутреннего сопротивления. По даташиту на них падает около 1.3В. А есть диоды с малым падением напряжения, как у полевиков например?

посмотрите mur420 или из этой серии,
напряжение до 600В, 4А, время востановления менее 75нс, падение от 0.71

Есть. Есть и Шоттки и обычные. Посмотрите, например, вот здесь.

0.71В это при токах 0.1-0.2А. А на 3А около 1.1-1.2В Разница небольшая



Да, хороший справочник. SB370 и 30CTQ060 вроде подходят.
а КДШ2968БС это что, военка какая-то? Даже и не слышал что у нас такие выпускались.

Если была бы спецприемка- было бы 2ДШ2968БС. Диоды быстрые, с малым падением, кстати, давно выпускаются- я их ещё в 80-х использовал.