Бьюсь головой об камень...

Проблема:
Есть плата(самопальная) с МК Atmega128.
Прошивал микру через житак, и отлаживался через него.

В какой то момент надобность в житаге отпала, и я отсоединил JTAG-ICE.
После этого плата не работает.
Даже после выставления бита JTD в 1 и дисэйбла JTAGа проблема остается.

Соответственно, если я подсоединяю(физически) выключенную плату JTAG проблема устраняется

Резюки подтяжки по ЖЫТАГ есть? И фузы ocden=1, jtagen=1. Галочка на фузах в каком-нить ГУЕ может быть нулём. Если ЖЫТАГ не нужен, то и подтяжка не нужна, ессно.

А без резюков она пахать не будет?

Если ЖЫТАГ включОн, то может и нет. Кто знает, куда его занесёт. Я тупо ТДИ, ТЦЛ, ТМС растягиваю и проблем не имею.
Но было дело, когда подвешивал на м128 на проводочках без растяжек. Работало.

я программно выставляю JTD в 1. и как я понимаю, тем самым выключаю житак СОВСЕМ.
но проблема остается.
правда, в даташите написано, что это нужно делать как то по хитрому:
The application software must write this bit to the desired value twice within four cycles to change its value.

может я там косячу

"When the JTAGEN fuse is unprogrammed, these four TAP pins are normal port pins
and the TAP controller is in reset. When programmed and the JTD bit in MCUCSR is
cleared, the TAP input signals are internally pulled high and the JTAG is enabled for
Boundary-scan and programming."
Есчо раз: посмотри на фузы. Если надо отключить ЖТАХ енжыне раз и навсегда, установи ocden=1, jtagen=1. И всё.Мож 128-ю клинит до того, как ты установишь ЖТД в "1"

Собственно а в чем проблема то ? Плата не работает или Jtag-ом не береться ?
при 1-м варианте возможно вы неправильно отключаете сам JTAG, JTD нужно устанавливать 2 раза подряд.
например :
MCSCR |= 0x80;
MCSCR |= 0x80;

при 2-м случае если вы успешно установили JTD перейти на JTAG получиться только стерев вашу прогу. Для этого дополнительно заведите SRST на ресет проца. Вроде 6-й пин JTAG разъема. Тогда AVR Studio при контакте выдаст окошко и там жать кнопку, не помню что там написано но это оно.
Ну а если Вы вырубули JTAG фузом то (___)(___). Тут уже придетьс по SPI достучаться.
Еще возможно отсутсвие отладки по снятом бите ocden, не знаю чем вы отлаживаетесь, IAR сам его ставит, остальные х.з.

Возможно питание "шумит".
Подключенный ICE вероятно что-то где-то выравнивает (т.к. подключается "земля" компа).

Попробуйте отключить BOD, или натыкать больше кондеров по питанию.