"Через всю плату" имел ввиду, что дальний буфер будет достаточно далеко. Вот у вас милиметров 180 наверное.

Про резисторы.
Правила согласования волновых сопротивлений.
Согласование передатчика - резистор последовательно с выходом передатчика.
Согласование приемника - резистор около входа приемника на землю (или делитель что бы не смещать среднюю точку).
Это всего-лишь один из вариантов.
Емкости к согласованию отношения не имеют. Это способ сгладить выброс.
Вообщем читайте "магию", там это отлично описано.

Насчет последнего TDO. Т.к. входы работают по переднему фронту TCK, а TDO по заднему, то у вас будет полпериода TCK для установления значения на TDO. (Это же касается и TMS)(Вот почему я говорил, что требования к TMS мягче). Ну реально там будет не полфронта, а меньше или больше, в зависимости от алгоритма работы Бластера. Т.к. меняется TCK и считывается TDO не одновременно.

P.S. Удивило. У вас из 6 слоев всего 2 сигнальных?

P.P.S. "магию" не читал, но в магазине полистал. Скажу, что это одна из немногих книг за сумасшедшую цену, которая своих денег действительно стОит.

У меня 2 питания - 5 и 3.3в

Т.к. первый многослой, вот и чешу репу, возможно не в ту сторону

В таком случае подскажите, пожалуйста, как лучше расположить слои...

Расположение нормальное.
Где-то видел рекомендации: внутреннии слои - земля питание, внешние сигнальные.
Замечу, что у вас 2 питания расположены рядом. Если одно из питаний "чистое", то через паразитную емкость между слоями будут пролезать шумы. Чистое питание лучше запихнуть между землями. (Правда земли тоже шуметь будут)

Если в 2-х сигнальных у вас все разводится, то отлично.

У нас в подобном случае съэкономили на слоях.

Сделали так:
1 - сигнальный
2 - питание. Слой не сплошной. Полигонами. Питаний было 3. Компоненты, использующие разное питание скомпоновали в разных регионах платы.
3 - земля. Сплошной.
4 - сигнальный.

6-ти слойка выходила гораздо дороже.

И заполняйте слои металлом равномерно. Иначе плату гнет. У нас на одной из плат разъемы немного не попали. Стягивает ту сторону, где металла больше.

Ухх... попробую, конечно, полигонами... но вряд ли. Разъемы будут практически по ширине платы, питание модулей тоже организовано не в одной точке... поэтому, наверно, придется слои отдавать целиком под питание

А вот что тогда лучше вытащить наверх...
К слою 3.3 подключены управляющие альтеры, к слою 5в - проц и модули (по 4(8) флеш в модуле)

Общие частоты - такт проца 24МГц, то есть /RD и /WR получатся ~100ns

Я попробую промоделировать в ПКАД, с разным согласованием, посмотрю что получится..