Кокой максимальный резистор можно последовательно включать, чтобы обеспечить небходимую точность 8-10 бит.
По PDF - вход 100 МОм, + ток утечки входа (грубо по расчету примерно даст 1 МОм)
Слишком много, чтобы быть правдой.
А реально кто сколько ставит в проектах, чтобы не сбоило?
И нету ли импульсного тока зарядки в момент подключения входа на мультиплексор (во избежании внесении помехи в измеряемую цепь)?

Что? Все от балды что ли все ставят? У микрочипа есть appnote на свои чипы, и никаких вопросов и двоякостей не возникает. У Atmela я такого не нашел.

The ADC is optimized for analog signals with an output impedance of approximately
10 kΩ or less. If such a source is used, the sampling time will be negligible. If a source
with higher impedance is used, the sampling time will depend on how long time the
source needs to charge the S/H capacitor, with can vary widely. The user is recommended
to only use low impedant sources with slowly varying signals, since this
minimizes the required charge transfer to the S/H capacitor.
If differential gain channels are used, the input circuitry looks somewhat different,
although source impedances of a few hundred kΩ or less is recommended.

Atmel ATMEGA 128 datasheet... Всё ясно вроде... Да и аппликух у атмела немало. Сам ставлю не больше 1К плюс [иногда] мелкий кондер, несколько "укручивающий" характеристику противоподменного фильтра в строго периодических приложениях.

По DATASHEET полоса пропускания входов АЦП 38,5 кГц. Резистор и конденсатор надо расчитывать на более узкую полосу или что-то другое? В каких пределах номинал резистора лучше ставить? Можно ли обойтись без него или это кроме всего прочего элемент защиты?

Имхо, резистор и конденсатор следует выбирать из следующих соображений:
1. АЦП оптимизировано для работы с источником сигнала с выходным сопротивлением 10К или меньше.
2. Входная цепь должна отсекать помехи с частотой свыше 4кГц.
В свое время использовал АЦП на AT90S8535 без внешних резистора и конденсатора, 8 разрядов вроде как обеспечивалось.

Если можно, то уточните, частота 4 кГц взята из апнотов или это требование вашего проекта? Получается, что цепочку надо ставить примерно 1 кОм - 0,22 мкФ