Вы не поняли главной идеи: "синхронизироваться по началу каждого байта" можно только при наличии одного-двух UARTов. Для 6-и никакой синхронизации сделать не удасться, по причине полной асинхронности всех 6-и каналов. Делается регулярное прерывание по таймеру, одно на все каналы (я предлагал бит/4). В нем и разбираются состояния каждого канала.

Виноват, перед советом решить задачу на ПЛИСе были пропущены промежуточные выкладки:
Длительность бита 208 мкс. При 4 отсчётах на бит на обработку 6 каналов + фоновая задача (сборка/выдача) получается 52 мкс. Для Atmega8515 @ 4 MHz длительность такта = 0,25 мкс. Итого на всё - 208 тактов.
Та же цифра, но более наглядно: по 30 тактов на процесс (приём последовательного кода, битовая синхронизация, приём байта, определение начала и конца "сообщения", постановка буфера в очередь на выдачу...).

За 30 тактов нужно успеть декрементировать счётчик отсчётов по данному каналу, если он обнулился - вызвать процедуру обработки середины нужного бита (по таблице). А этой процедуре нужно успеть задвинуть бит в буфер (в 8 случаях из 10), установить новое состояние счётчика бит и счётчика отсчётов. Нешто не успеть? Но и это будет происходить не всегда, остальное время будет доставаться фоновой задаче - подобрать заполнившиеся буфера и т.д.