Можно ли настроить редактор DV, чтобы при размещении компонента, RefDes проставлялись только префиксы (C R D) без номерации. Пробовал изменять файл vbdcsys.asc, но ничего не получилось.

Еще раз попробуйте
! Auto increment reference designators yes/no
*REF_DES_INCR no

Пробовал, после этого исчезает весь RefDes, а мне нужно, чтобы остались R C D без номеров.
Возможно для этого нужно еще что то.

Вы на правильном пути!!! В символах Ref Designator присутствует? Если нет, тогда все понятно . Он появится только после упаковки. В символах Ref Designator присутствует, но значение не задано? Тоже понятно Значения не существует, следовательно, его не видно, и появится оно тоже после упаковки.