Здравствуйте. Имеется два варианта разводки питающих дорожек для микроконтроллера с несколькими VCC и GND:

1)


2)


Какой лучше для помехозащиты?

Принципиально второй лучше. Но обычно так не делают, а выделяют отдельный(е) слой(и) для питания(ий).

При двухслойной плате я на практике обычно применяю свой, третий вариант, потому что это удобней для разводки и неплохо с точки зрения помехоустойчивости. А именно, в последовательности разводки:
- разводка питания производится под МК, соединяются вместе все земли и питания, используя оба слоя;
- вне корпуса около парных ног питания располагаются несколько блокировочных конденсаторов, подключенных прямо к ножкам;
- располагаются и разводятся компоненты и цепи кварца и сброса;
- разводятся все остальные сигнальные цепи;
- в наиболее удобных местах, к уже разведенным под МК цепям питания подводятся в одном месте VCC и GND;
- все свободное место (если оно есть) заливается землей. Маленькие полигончики с острыми углами убираются.

Результат обычно хороший.
А ваши картинки они больше теоретические, чем практические

Правильнее - гипотетические. Просто показан принцип.

Ни один из вариантов не рекомендую пользовать. (второй может и хорош, но для аналоговой схемы, не для цифры)
Правильный вариант тот, который должен рекомендовать производитель, пример -- дока с картинками от Fujitsu [300K]

На рисунке одна из главных страничек указанной доки.

Дык это для многослойки опять же! И чем этот рисунок противоречит моему утверждению?

Рисунок реализуется на обычной плате с двумя слоями.
Есть одно принципиальное отличие -- все выводы общего провода соединены без переходов полигоном на стороне установки корпуса.

Ну так это один из вариантов того, что я словами описал. Просто не всегда получается всю площадь под МК отдать под полигон земли. Да и я имел в виду двухслойную плату с односторонним расположением компонентов.
Кстати, расположение емкостей на другой стороне платы не лучшее решение. Переходы вносят дополнительное индуктивное и активное сопротивление токам блокировки. А вот применение переходов до емкостей только все улучшает, т.к. тогда они играют роль полезных фильтров по питанию.
Вот одна из рекомендаций: СТРАТЕГИИ РАЗВЯЗКИ ДЛЯ PCB
Там на главной странице полно хороших статей по грамотной разводке.

Нет идеала в этом мире.
Документ от Fujitsu читали? Там приведено много вариантов подвода питания и только один считается правильным. Приведенный вариант на рисунке самый оптимальный по переходам, ничего страшного в переходе по плюсу. Каждый вывод МК имеет небольшую емкость, переход с этой емкостью выполняет роль дополнительного фильтра.
МК Fujitsu автомобильного направления, в некоторых МК встроены драйвера управления двигателями, поэтому у меня есть подозрение, что в доке описан оптимальный вариант и подчеркну -- сделано это самим производителем.