За 100 раз только один раз определилась как Cypress EZ-USB FX2LP - EEPROM missing
Cхема включения в файле

У меня нога 101 (WAKEUP) подключена к +3.3V. И посмотрите что происходит с тактовой на ноге 1.

на 1-ой ноге (CLKOUT) - 12Мгц частотомером посмотрел, независимо от того wakeup на 1 или 0

Ещё у меня была как-то проблема, когда ножка питания USB части не припаялась.

Судя по наличию вывода EA, используется корпус TQFP128.

EZ-USB_TRM.pdf (EZ-USB® Technical Reference Manual) стр. 83, раздел 5.3.2 128 Pin EZ-USB Chip:
"EA = 1
All program memory is off-chip; all on-chip RAM, including the main RAM, is data memory only.

The EZ-USB reads all on-chip RAM using only the RD# strobe; the combining of RD# and PSEN# is disabled, so the on-chip RAM becomes data memory only. All program memory is off-chip; accesses to the lower 16 KB of off-chip program memory are not inhibited.
Any code fetch asserts the PSEN# pin.
After a power on reset, the EZ-USB immediately begins executing code at address 0x0000 in the off-chip program memory (as long as there is no EEPROM on the I2C bus with a valid 0xC0 or 0xC2 signature byte), rather than waiting for an EEPROM load or USB code download to complete (see the Resets chapter on page 95 for a full description of the EZ-USB resets).
"

В этом проблемы точно нету - все напряжения есть и ток идет - 40мА, и от внешнего источника пробовал.


В даташите проще написано:
если EA=0, то код программы грузится по usb во внутреннюю память FX2LP, потом выполняется
если EA=1, то код программы выполняется, тот который записан в EEPROM

пробовал EA на землю подключать
когда чип определился как Cypress EZ-USB FX2LP - EEPROM missing, то EA я ещё тогда не подключал никуда, в таком не подключеном состояние на этой ноге 0В, значит внутри микросхемы он через резистор подключен на землю

вся эта схема собрана на макетной плате, а микросхему впаял в переходную плату

Я бы посоветовал тщательно проверить то, что все ножки земли и питания хорошо припаяны.

3 раза проверял

А как дела с разводкой D+, D-?
Они должны быть как можно короче и не пересекаться с другими сигнальными линиями и соответствовать еще кое-каким требованиям...
Это может быть вполне причиной.

Сделал только что между контактами (d-,d+) микросхемы и разьема соединения длиной 2см, всё равно не определяется.

ну тогда погляди осциллографом напряжение в точке соединения своих подтягивающих резисторов. Для начала убери транзистор и подцепи к 3.3 В, хотябы WU2/PA2...

Попробуй в схеме сброса вместо 4.7k поставить 1k.

Попробуй поменять местами D+, D-
Если разъём mini убедись не перепутал ли контакты.

Переходную плату выкинуть однозначно. Или по крайней мере на ней должны находиться все необходимые фильтровые конденсаторы и кварц. Ну и земли побольше (полигон). USB HS через такой разем может и не пролезть- надо на переходной плате предусмотреть место под согласующие резисторы и USB разем (или пятаки под подпайку USB кабеля). Если при таком включении будет работать устойчиво, а на раземе сбоить то оптимизировать разводку на раземе.

Только что начал определяться и я смог прошить eeprom
Он начал определяться после того как я на макетной плате выкинул все провода которые не нужны для того чтоб он определялся. Но он редко определялся, потом я понял что на проводах не получиться, развёл плату под эту переходную плату с fx2lp, на которой разведена вся схема (на данный момент я впаял туда только те элементы, которые нужны для того, чтоб он определялся), но всё равно он не стабильно определялся, дальше я начал соединять все земли на этой большей плате между собой (на переходной плате они соединены), при этом он всё чаще стал определяться и всё равно он не каждый раз определялся. Потом я соединил 35-ую ногу (EA) с землёй через резистор 1.62к и с этого момента он стал определяться каждый раз.
Последнее что надо было сделать чтобы прошить eeprom соединить EA с +3.3в, я это сделал
через резистор 2.6к.
Ещё пара ньюансов:
До того как я не соединил EA с землёй надо было обязательно соединить резисторы которые
подключены к SDA И SCL с +5в, если их подключить к +3.3В, то никогда не определялся.
Не определялся никогда если EA соединял с +3.3В через резистор (а при этом на землю не
подключал через резистор).
ОБ этих двух вещах теперь можно забыть, как только соединяешь EA c землёй, fx2lp начинает каждый раз исправно определяться.
wakeup без разницы куда подключать, можно даже никуда не подключать
reserved (33) - обязательно на землю.
Длина между d-, d+ ~ 4см и до кварца так же, теперь уже на этой разведеной плате все GND между собой соединены помимо того что на переходной плате соединены, а VCC не все, теперь уже сложно сказать почему не определялся изначально (точно что из-за резистора между EA и землёй - он должен быть) и скорее всего из-за плохой земли на большой плате, на которой все соединения были на проводах, по крайней мере я видел как fx2lp всё чаще стал определяться по мере того как соединял земли.