Внешняя тулза выдает в консоль ошибки (имя файла и номер строки). Можно ли как-то сделать, чтобы по клику на такой строке в консоли осуществлялся переход к этой строке в нужном файле?

И еще вопрос: можно ли повесить hotkey на конкретный external tool?

если это CDT, переходить можно по клику по строчкам на вкладочке "Problems", которая рядом с эклипсовской консолью

Если используется CDT.
Ошибки разбирает ErrorParser. Он создает в закладке Problems строки, кликнув на которые можно перейти к ошибкам.

Т.е. "Внешняя тулза" должна поддерживаться разборщиком ошибок.
По умолчанию присутствуют разборщики (парсеры) для GNU C+Asm+Make и для Microsoft Visual C.

Так что там за "Внешняя тулза"?

scons. Компилятор пока - IAR.

Запускаю как external tools.

На этом форуме проскакивали сообщения, что IAR по запросу высылает плугин чтобы дружить их компилятор с Эклипсой. Поищите.

Да собственно плагин с настройками IAR мне не нужен - у меня все настройки прописаны руками в SConscript. Единственное что нужно - переходить по ошибкам, щелкая мышкой по строчке.
Покопался в доке eclipse, вроде как есть точка расширения у консоли. По-идее, плагином можно к ней подцепиться и затем расставлять маркеры.
В общем, если руки дойдут и что-нить из этого получится - выложу.